В фуллскрин почти все ресурсы карты передаются одному приложению, а в оконном всё пропускается через оконный менеджер, который как от сердца отрывает вам кусочки видеопамяти и кванты времени GPU, а затем милостиво копирует ваш back-buffer в прямоугольник, отведённый вам системой.