есть материнки с двойным биосом, им по идее ничего не будет. а если биос один, то будет кирпич. опять же, есть материнки с резервным загрузчиком, которые могут определённым образом названный файл на флэшке подхватить и прошить биос, но скорее всего придётся выпаивать чип биоса и прошивать отдельно на программаторе.
Если boot-block не будет запорчен, то при включении получишь предложение вставить в привод носитель с файлом прошивки. Если запортится - прошивка микросхемы на программаторе в сервисе (если своего нет). Есть и другие, экзотические способы (например, "горячая замена")