Да, если на флешке находится троян, то он может автоматически скопироваться на диск без вашего подтверждения, если вы запустите программу, содержащую этот вирус. Трояны могут распространяться и инфицировать другие компьютеры через порты, сетевые протоколы и другие уязвимости, но в данном случае, если вы запускаете программу с вирусом на своем компьютере, то это может привести к автоматическому копированию вируса на другие диски или сетевые ресурсы, к которым у вас есть доступ.