Оператор in у тебя проверяет вхождение одной строки в другую, а не равенство, то есть если a = "нетда", то условие if "да" in a вернёт True.
хз как в питоне, т.к пишу в с++. Но по логике языков в сравнении должно быть 2 равно, т.е
a = input("Москва - столица РФ?"
if a=="да":
print ("Правильно"
else:
print ("Не правильно" , как то так вроде