Если делать БД на PHP, то придётся реализовать все операции выборки, обновления, удаления, индексации, блокировки и т.п. на языке, который по сути является интерпретируемым. Производительность, не говоря уже о качестве работы такой БД, будет оставлять желать лучшего. Безусловно, лучше создавать БД на базе готового движка (например MySql), который делали профессионалы)
PHP это только инструмент который позволяет обращаться к базам данных.
Вот в вездесущем Питоне кроме всего прочего есть и встроенная библиотека для создания баз данных - SQLite